Aunque en un momento dado hubo tres papas simultáneamente (Juan XXII, Gregorio XII y él), Benedicto siempre adujo que su papado era el válido dado que él era el único papa que había sido elegido cardenal antes de que se produjese el Cisma de Occidente y, por tanto, el único realmente legítimo. Pero, finalmente, las tesis conciliaristas, que defendían que el concilio era superior al papa, triunfaron y fue condenado en el concilio de Constanza como hereje y antipapa y depuesto junto con los papas de Aviñón y Roma, designando a Martín V como pontífice único en Roma. Martín V envió a España a un legado con la misión de envenenar a don Pedro Luna, pero no tuvo éxito. Don Pedro Martínez de Luna murió en 1423, a los 96 años en Peñíscola, a donde había mudado la sede papal, en el antiguo castillo de la Orden del Temple.
Tras ello sus cardenales eligieron a su sucesor, Gil Sánchez Muñoz, que tomó el nombre de Clemente VIII, ultimo papa de la obediencia de Aviñón, en el Salón del Cónclave del castillo de Peñíscola, lugar donde residió hasta su abdicación en Martín V. Ésta se produjo en San Mateo, en el Maestrazgo castellonense, el 26 de julio de 1429, principalmente debida a las presiones políticas del rey de la Corona de Aragón, Alfonso V, inmerso en la conquista del reino de Nápoles. Con esta abdicación se considera que el Cisma finalizó.
Benedicto también fue seguido por Bernard Garnier, el antipapa Benedicto XIV, que actuó como papa en secreto. Una carta del conde de Armagnac a Juana de Arco revela que el archidecano de Rodez conocía el paradero de Benedicto XIV y que lo aceptaba como papa. Dos novelistas, Jean Raspail y Gerard Bavoux imaginan que la línea sucesora continuó. Algunos incluso creen que hoy existe un papa de esta sucesión con el título de Benedicto XL.
Benedicto también fue seguido por Bernard Garnier, el antipapa Benedicto XIV, que actuó como papa en secreto. Una carta del conde de Armagnac a Juana de Arco revela que el archidecano de Rodez conocía el paradero de Benedicto XIV y que lo aceptaba como papa. Dos novelistas, Jean Raspail y Gerard Bavoux imaginan que la línea sucesora continuó. Algunos incluso creen que hoy existe un papa de esta sucesión con el título de Benedicto XL.